Спасибо за попытки помочь мне, я все выяснил. Дело было в том, что при заходе на сцену напрямую настройки UI оставались теми же, но при смене сцены через скрипт настройки он брал с предыдущей сцены. На 1 сцене слой у UI стоял 1, на 2 уже стоял слой 3. Поэтому мой фон просто перекрывал диалог.
