Сначала надо сказать что система версионирования файлов ни коим образом не заменяет среду для разработки/тестирования (в плане веб сервера или базы данных), это просто дополнительный инструмент. В первую очередь система версионирования даст доступ к комментированной истории изменений. Это может пригодиться, например, когда вы ищите баг который вы внесли когда-то правя другие баги. Так же версионирование помогает, если вы какое-то время не занимались этим проектом — легче вспомнить на чём вы остановились. Так же станет легче развивать проект в независимости от версии вашего кода на «боевом» сервере (например сделать live и development ветви). FTP upload версионированию не помеха, это абсолютно разные вещи. Базу данных можно версионировать отдельно, но обычно версионируется только основная структура базы для деплоймента «с нуля» (например .php файл с create стейтментами). SVN или Git (или другой CVS) это уже больше выбор по вкусу/нужности плюшек. Безусловно любая CVS будет нужна если над проектом вдруг начнёт работать кто-то кроме вас.
