Один из вариантов это Docker
Попробуй докеризировать своих ботов, и далее уже запускать их в отдельные Docker контейнеры. Так ты сможешь их изолировать, а еще они сами будут подниматься при ловле исключений и запуске компьютера (--restart always). Еще с помощью Docker легко будет пробросить API ключи в переменное окружение.
