Как слить все слои при просмотре PDF чертежа?

Вряд ли слияние слоев поможет. Количество объектов останется тем же, и отрисовка будет такой же медленной. Просто CAD'ы зачастую очень неумно генерируют pdf'ы, используя, например, не тексты и шрифты, и даже не кривые для отображения текстов, а огромное количество отрезков кривых для каждой буквы, и лежат они зачастую на куче белых отрезков, имитирующих прямоугольник. Там десятки и сотни тысяч объектов на листе могут лежать.
Радикально ускорить можно (но с потерей возможности неограниченного масштабирования и прочими нюансами), если преобразовать все в растр. Других вариантов радикально ускориться нет, к сожалению, можно еще попробовать удалять белые "черточки", но это тоже требует времени