В режиме отладки доходит до момента SystemClock_Config(); и все, дальше не дает отлаживать.
Поменял SYS на TIM2, все заработало, код тот же самый, но при этом, до этого я уже так делал, сейчас просто заново создал проект, и вместо системного таймера выбрал TIM2, точно так же прописал код и все заработало, вот такие пироги.