Нашел в чем проблема была. Как я и предполагал, apache не видел файл .htaccess. А не видел он его из-за директивы AllowOverride None. Сисадмин создал несколько файлов конфигурации хостов для apache, почти одинаковых, кроме этой директивы. Сайт с
https://site.ru - грузился по одному файлу конфигурации, а
https://www.site.ru по другому, в котором директива AllowOverride отключена.