korvindest

Я думаю тут проблема не в том, что код JS должен быть именно в теле главное, страницы, а в том, что он должен быть к ней подключен и (!)вовремя запущен. Тогда по идее разницы между этими вариантами с точки зрения Яндекса быть не должно.