Основная ошибка здесь:
cop.split(',')
вместо
cop=cop.split(',')
Из-за этого последующий
' '.join(cop) формирует не строку разных путей, а разбивает путь пробелами.
По поводу extend не особо понятно, что добавлять, не описано, для чего вообще этот дополнительный кусок? Если цель просто повторять создание архивов из разных мест, то не нужно было делать эти манипуляции с cop
Просто общий бесконечный цикл, в конце которого запрос повторения
while True:
# полностью первый блок кода с запросом данных и архивацией
# после него
repeat = input("Повторить (y/n) ?"
if repeat != "y":
break
Для работы с zip еще есть модуль zipfile.
