не позволяет использовать 1 ключ в нескольких репозиториях
Также наверное нельзя одновременно несколько разных ключей использовать для доступа к одному серверу.
Скорее всего нужно подсказать хосту, какой именно ключ использовать для каждого из подмодулей.
Для этого мы создаём в файле конфигурации
~/.ssh/config несколько виртуальных хостов
Host github.com-module-1
Hostname github.com
IdentityFile=/home/user/.ssh/module-1_deploy_key
Host github.com-module-2
Hostname github.com
IdentityFile=/home/user/.ssh/module-2_deploy_key
И поправьте ссылку на подмодуль в
.gitmodules используя псевдоним виртуального хоста
git@github.com-module-1:OWNER/repo-submodule-1.git
Сам не проверял, пишу основываясь на официальную документацию GitHub:
Authentication / Connect with SSH /
Managing deploy keys
