Спасибо большое! =) Век живи — век учись. Смешно и жалко: мог бы исследовать интерфейс используемой программы и/или задать вопрос намного раньше, сэкономив кучу времени.
В настройках можно указать прямой путь к бинарнику линтера, но если мне не изменяет память, это не помогает. Приходится ставить линтеры и автоформатеры в каждое виртуальное окружение.