Я использую mixin для sass, чтобы hover вообще не применялся на устройствах с touch:
@mixin support-hover()
@media (hover), (min-width:0\0), (min--moz-device-pixel-ratio:0)
@content
Соответственно в него нужно поместить какой-либо блок с :hover
Пример использования:
@include support-hover()
.link
&:hover
color: blue
А если нужно просто заблокировать hover во время скролла, то можно добавить к body (или к элементам, которые нужно заблокировать *) стиль pointer-events: none и в конце скролла удалять этот стиль