Налогообложение и бух учет это наверно самые наимение важные вопросы связанные с открытием компании.
На первых порах просто воспользуйтесь сервисами elba.kontur.ru или
www.moedelo.org И если надо наймите бухгалтера знакомого с этими сайтами который будет тратить на вас десяток часов в месяц.
Самое главное в ИТ - это поиск клиентов, поиск и найм работников и способность компании довести проект до конца.