Люди, отключающие js, знают на что идут, это их сознательный выбор, я бы за них не переживал. Вопрос тут в другом — в надежности и скорости.
1. В первые мгновения js нет ни у кого. JavaScript ведь загружают в конце страницы, чтобы контент был доступен раньше, и пока файлы не загрузятся, js у пользователя не работает. Поэтому сайт, работающий без js, будет доступен пользователю раньше. А если соединение медленное, или какая-то ошибка сети, то сайт, не работающий без js, не будет работать у пользователя совсем. Альтернатива — помещать js наверх, хотя как это поможет. Сайты, поддерживающие людей без js, позволяют получить содержание страницы раньше => работают быстрее.
2. Ошибка в js-файле может привести к тому, что сайт станет недоступен. Это замечание кажется довольно очевидным, но ему часто придают неоправданно мало значения. Если js сжимается в 1 файл, чтоб он грузился быстрее, то при ошибке в одном из скриптов весь оставшийся js тоже не выполнится.
Проблемы с сетью, какой-то js-файл не загрузился — сайт не работает.
Забыли запятую — сайт не работает для всех пользователей IE.
Забыли отладочный console.log — сайт не работает, если отладочные инструменты не установлены и не включены (Firefox, Safari, Internet Explorer).
Ну и т.д. Сторонний js от рекламодателей, который нельзя контролировать, может сломать сайт.
Можно, конечно, сказать, что нужно писать код без ошибок. Но такого кода не бывает. Проблема тут в архитектуре, веб работает не так. Недавно, к примеру, Lifehacker и Gizmodo были полностью недоступны продолжительное время именно из-за ошибки в js. Можно вот тут еще почитать:
isolani.co.uk/blog/javascript/BreakingTheWebWithHashBangs
В большинстве случаев предоставить альтернативу без js совсем не сложно ведь — пишем просто unobtrusive js. Если это кому-то важно, то для таких страниц и тесты писать проще.