Можно таблицы общие сделать где храним данные пользователей, роли и права.
Можно разделить таблицы в которых храним данные о товарах если нужно. Но лучше разделить логику каталога. А товара хранить все в месте, опять же так проще поддерживать. Как и все заказы собирать в одной админке.
При это сами магазины в принципе могут быть на чем угодно, если это один движок, то можно тупо общие таблицы сделать и ничего больше не трогать.
По мимо пользователей можно еще подумать про общие файлы, если это один движок, то много файлов будет одинаковых. И лучше это поддерживать если будет в единственном экземпляре.
Можно отлавливать разные сайты по доменам. В принципе мультсайтинг означает наличие общих таблиц и файлов.
