Использую pdd.yandex.ru для своих проектов и Google Apps для клиентов. За 2 года проблемы с сервисом Яндекса частенько случались. Чаще всего это было связано с неработоспособностью некоторых ящиков в течение нескольких часов в рабочее время. Работа конечно в такие моменты просто "вставала".
С Google Apps мои клиенты "живут" уже больше 4-х лет - проблемы были всего пару раз, когда весь Google был недоступен в РФ. 5 баксов за ящик считаю символической платой за сервис с крутым аптаймом.
Для себя планирую поднимать собственный почтовый сервис на каком-нибудь VPS. Благо есть опыт и знания для администрирования этого. Если бы у меня не было опыта и работа почты была бы критичной для моего бизнеса, то я бы пользовался только Google Apps.
В качестве альтернативы в виде SaaS есть Zoho -
https://www.zoho.com/mail/
А в качестве ПО для установки на свой сервер Zimbra -
www.zimbra.com (есть бесплатная версия)
