Если ещё актуально, тоже столкнулся с такой ошибкой. Дело было в конструкторе TeleBot который по умолчанию работает в режиме мультипоточности. GAE похоже не дает бесплатно работать с потоками. Мне помог такой вызов
bot = telebot.TeleBot(API_TOKEN, threaded = False)