Вставка в таблицу с индексами медленнее, чем без. Если нужно вставлять большими кусками по милиону записей и больше, можно выключить индексы, вставить данные, а потом включить.
ALTER TABLE DISABLE KEYS
INSERT INTO xxx VALUES (1,2,3)
ALTER TABLE ENABLE KEYS
В 99% это не нужно, достаточно вставлять данные большими кусками c помощью
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9); что уже даст очень приличный прирост скорости