Смотря для какого количества хостов будет развертываться zabbix и что на нём будет использоваться. Для ваших исходных данных я бы рекомендовал развернуть несколько zabbix-proxy (идеально - для каждого филиала свой), данные отправлять на zabbix-server с базой PostgreSQL (с ней он себя чувствует намного лучше).
ОС не слишком важна - Zabbix прекрасно себя чувствует как на Ubuntu, так и на CentOS. Тут скорее вопрос в том, какая ОС для вас ближе. Для меня лично из них нет разницы - поднимал на обоих, оба себя чувствуют прекрасно по сей день.
Развертывать лучше из пакетов, если вы будете знать, что на данном сервере живет только zabbix и всё. Контейнеры скорее подойдут для быстрого поднятия инфраструктуры, но как я вижу - это скорее не ваш случай.