make install
запускать не самая лучшая идея. К тому же не самая лучшая идея использовать PHP 5.3, ибо этот релиз уже давно не поддерживается.
Если для чего-то нужно, то лучше поднимите виртуалку с аналогично древней ОС. На новых версиях Ubuntu, на сколько я помню, PHP 5.3 даже не собирается толком.
