1. Если скрипт свой, можно его подредактировать найти где спрашивает и убрать лишний вопрос.
2. echo "Y" | script.sh
3. Если скрипт спрашивает разные вещи, можно ответы скинуть в файл, например файл answers.txt:
yes
yes
no
и выполнять
script.sh < answers.txt
