SELECT *
FROM messages
LEFT JOIN deleted_messages
ON messages.id = deleted_messages.message_id
WHERE
messages.chat_id = :id
AND
deleted_messages.message_id IS NULL
SELECT inf_courses.name, inf_statuses.name, count(*) cnt FROM act_courses
LEFT JOIN inf_courses ON act_courses.course_id = inf_courses.id
LEFT JOIN inf_statuses ON act_courses.status_id = inf_statuses.id
GROUP BY act_courses.course_id, act_courses.status_id -- для группировки по курсу и статусу
-- либо GROUP BY act_courses.course_id для группировки только по курсу