Дмитрий Ким

Используйте https://laravel.com/docs/7.x/eloquent-resources. Они как раз упрощают такую работу, и контроллер остаётся чистым:

class OperationController {
    public function all()
    {
        $operations = Operation::query()
            ->whereIn('name', ["whitelistedUri.view", 'user.view'])
            ->with('tasks')->get();

        return new OperationCollection($operations);
    }
}

class OperationCollection extends ResourceCollection
{
    public $collects = OperationResource::class;

    public function toArray($request)
    {
        return parent::toArray($request);
    }
}

class OperationResource extends JsonResource
{
    /**
     * @var Operation
     */
    public $resource;

    public function toArray($request)
    {
        return [
            'id' => $this->resource->id,
            'name' => $this->resource->name,
            'sso_id' => $this->resource->sso_id,
            'tasks' => $this->resource->tasks->pluck('id'),
        ];
    }
}

Обращаться к роутеру из метода модели - это такое себе удовольствие.
Создайте сервис, заинжектите туда роутер, и там генерируйте ссылку, используя класс модели.

По-моему запрос должен выглядеть следующим образом:

SELECT *
FROM messages
LEFT JOIN deleted_messages
  ON messages.id = deleted_messages.message_id
WHERE
  messages.chat_id = :id
  AND
  deleted_messages.message_id IS NULL

А то что вы джойните таблицу по айдишникам, а потом пихаете их неравенство в условие - вам даёт скорее всего пустой результат.

Route::get('/', 'Equip@allItems');
Route::get('equipment', 'Equip@allEquipmentItems');

private function allItemsInternal(string $template){
    return view($template, [
        'all' => $this->eqs(),
        'types' => $this->types()
    ]);
}

public function allItems(){
    return $this->allItemsInternal('all');
}

public function allEquipmentItems(){
    return $this->allItemsInternal('equipment');
}