Алексей Гусейнов

А что вынуждает использовать сложные собственные бинарные форматы? Есть protobuf, обеспечивающий возможность кроссплатформенного чтения полученныз записей и возможность добавления новых полей без потери бинарной совместимости. Еще есть bson.
Или нужна сверхэффективность и возможность загрузить данные как есть в память, скастить указатель и пользоваться уже загруженным классом?

Я думаю, что должна быть общая. Но можно, на всякий случай, проверить: сделать два mmap'а в одном процессе и посмотреть объем использованной памяти.
Но, возможно, стоит подумать над тем, чтобы приложение делало mmap один раз а далее в те места, где файл используется, передавать указатели на память.