ki10bit

Если в момент проблемы попробовать в одной консоли запустить tcpdump на порт приложения, в другой strace на приложение, а в третьей попробовать с сервера на котором запускается это приложение установить соединение, что происходит в логах?

Не хватает мощности блока питания компьютера?

В сторону "Виртуальный хост".
Вот, например, документация по апачу http://httpd.apache.org/docs/2.2/vhosts/