Можно скопировать файл lib/Varien/Db/Adapter/Pdo/Mysql.php в app/local/Varien/Db/Adapter/Pdo/Mysql.php и в функции _connect() выполнить $this->_connection->query("SET GLOBAL connect_timeout=28800");, лучше такие вещи прописывать в my.cnf. Но мне кажется у вас в чем-то другом проблема, 8000 товаров это мало.