Начните отсюда: https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/aa767914(...
Если кратко, то Вам необходимо зарегистрировать Ваше приложение в системе как обработчик необходимого Вам протокола. При запуске вашего приложения, ему будет переданы параметры из URI, которые вы можете обработать.
