kenny4ka

Предположу, что is.read() у вас читает байт, а не символ. А символ может состоять из более чем 1 байта.

Советую вам воспользоваться буфферизированным чтением:

bufferedInput = new BufferedInputStream(is);
byte[] buffer = new byte[1024];    //
int read;
while((read = bufferedInput.read(buffer)) != -1) {
    System.out.println(read);
}

В вашем случае, если Вы не используете систему сборки (Maven, etc), качаете JAR файл:
parboiled-java-1.1.4

потом его зависимости:
asm-all-4.1
parboiled-core-1.1.4

В Intellj Idea открываете Project Settings и в вкладке Libraries добавляете эти JAR файлы к проекту.

Погуглю за Вас:
stackoverflow.com/questions/2258932/embed-a-jre-in...

Тут перечислены почти все доступные тулкиты для этой задачи.