Я использую плагин TM WooCommerce Ajax Filters. Он подгружает фильтры по атрибутам только тех товаров, которые отображаются в данный момент на странице.
Да уж... Если у кого возникнет такая же проблема: нажмите просто кнопочку Enabled во вкладке Features: Advanced settings pages. Ответ был перед носом, а времени часа 3 ушло из-за невнимательности... :(