avada kedavra

ajax-ом передается регион, на сервере выполняется sql-запрос

>в кукиз еще записывается ID пользователя и хеш его пароля
Зачем именно хеш пароля, запишите туда хеш случайной белиберды и храните его в отдельном поле в users.

Users::model() возвращает объект у которого есть метод findByPk($id), и он тут же вызывается. Откройте класс Users и посмотрите что и как там внутри работает.

Класс-entity (просто устанавливает/возвращает свойства) и класс-handler (авторизация, регистрация, функционал remember me). Можно еще класс-mapper (удаление, добавление, выбор из базы), если нет то использовать activeRecord и переложить эти функции на сущность.

class Controller 
{
 private $view;
 public function __construct() {
  $this->view=new View();
  }
 ...
 $this->view->display('template.html');  //использование
}
class View 
{
  public function display($template); {
      include($template);
  }
}

Соответственно от базового контроллера наследуются все остальные и через конструктор получают объект view с нужным методом

UNION

почему бы не настроить все самому?

Вопрос не конкретный.
Если все картинки в одной папке достаточно хранить имя файла, а в скрипте делать конкат путь+имя из базы.
Если возникает потребность хранить в одной таблице картинки из разных директорий стоит задаться вопросом правильно ли спроектирована база.
Иногда путь вообще хранить не нужно, можно составлять путь как id.'/avatar.jpg'.

Обычно так делают с расшариваемым кодом. Если у вас на странице будет * {box-sizing: padding-box;}, а в плагине его не переопределить - верстка поплывет. Если пишете для себя особого смысла нет.