С чем конкретно проблемы? Делаете репозитории для проектов, на локалке или dev сервере тестируете. Коммитите свои достижения.
Когда хотите в продакшн - делаете отдельную ветку, причесываете ее (для мелких проектов, с минимумом автоматизации) и так или иначе заливаете/синхронизируете с продакшн сервером.

Для того, чтобы заливать файлы по фтп (если у вас не ide или она не поддерживает синхронизацию по sftp), можете использовать, например, Buddy.

Если у вас есть более конкретные вопросы - спрашивайте в комментариях или дополняйте вопрос :)