Ну, если будут ошибки в верстке, такие как ... и другие неправильные теги, то конечно будет влиять. А если есть незначительные ошибки, типа незакрытый img , input , то думаю ничего плохого не будет.
Зарегистрировать два домена. Один сделать, который Вы хотите, чтобы видел гугл, второй для работы. С домена, который на гугл - сделать редирект на основной домен. а основной домен запретить для индексации. Чушь собачья, но как вариант:)
