Виртуальные пользователи и виртуальные же квоты в том же proftpd — то, что Вам нужно.
Если нет весомых причин в такой ситуации задействовать системных пользователей и фс-квоты, то этого делать и не стоит.
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.
/srv/ftp