kalnin_yuri

Решил, дописав файлы в ядре. Странно то что в битриксе коннект к базе происходит в двух местах. По мимо класса указанного в .setting.php

в bitrix/modules/main/lib/db/mysqliconnection.php
mysql_connect заменил на

$connection = \mysqli_init();
$connection->options(MYSQLI_OPT_SSL_VERIFY_SERVER_CERT, true);
$connection->ssl_set(NULL, NULL, '/var/www/www-root/data/.mysql/root.crt', NULL, NULL);

и в bitrix/modules/main/classes/mysql/database_mysqli.php

$this->db_Conn = mysqli_connect($persistentPrefix.$dbHost, $this->DBLogin, $this->DBPassword, $this->DBName, $dbPort);

поменял на

$this->db_Conn = \mysqli_init();
$this->db_Conn->options(MYSQLI_OPT_SSL_VERIFY_SERVER_CERT, true);
$this->db_Conn->ssl_set(NULL, NULL, '/var/www/www-root/data/.mysql/root.crt', NULL, NULL);
$this->db_Conn->real_connect($persistentPrefix.$dbHost, $this->DBLogin, $this->DBPassword, $this->DBName, $dbPort);