Зачем сначала читать содержимое, а потом впихивать его в phpexcel, если у него есть свой метод чтения данных?
И еще момент: ты читаешь файл xlsx, а пытаешься обработать его как Excel5 (это старый формат- xls)
require_once 'Classes/PHPExcel/IOFactory.php';
$file='name_file.xlsx';
$objReader = PHPExcel_IOFactory::createReader('Excel2007');
$xls = $objReader->load($file);