Про сохранение настроек — я делаю так: перед переустановкой системы переименовываю папку /home/{username}, чтобы домашняя папка в новой системе была чистой. После установки переношу туда папки с настройками программ, такие как ~/.mozilla, ~/.Skype и прочие. В итоге получается новая система со старыми данными и настройками.