У ISPManager регулярные проблемы c DKIM. Правда. Причем, пробовал на разных системах: CloudLinux (в т.ч. и другие rhel-based системы), на Debian и на FreeBSD. Месяца два назад было ну очень много проблем. Из коробки не работало, только допиливая руками. Знаете, с политикой разработки продуктов от ISPSystems не стоит ждать фиксов. Тем более, они сами завили, что работают над пятой веткой продуктов, на четвертой только закрывают баги. И, кстати говоря, очень неторопливо.

От меня совет: по возможности, переходите на опенсорцную панельку vestacp.com — разработчик с хабра. Там, кстати, таких проблем не наблюдалось.

А здесь, в вашем случае, надо допиливать руками. К тому же, информации предоставлено мало, чтобы сказать точно в чем проблема.