Тут никаких проблем нет, роутинг на vue спокойно делайте как вам угодно, а для отдельных роутов которые должны быть вызваны непосредственно из zend - просто добавьте правила в ваш конфиг сервера с указанием, что для этих роутов надо использовать не ваш js индексный файл, а указываете путь к местоположению паблик index.php для zend.
И все таки не совсем понятно зачем конкретно в вашей ситуации разделять, я понимаю в этом есть смысл когда необходимо ловить колбэки от какой-то платежки/апишки, но для простого интернет магазина хватит только vue роутера.