Будет, главная заморочка в том, что загружаемые через админку файлы должны иметь правильную группу, сейчас в Вашем случае это www-data, проблем возникнуть не должно.
Для оперативного управления хостами можно использовать webmin или isp manager, по поводу нагрузки сильно сомневаюсь что будет очень сильно влиять на производительность. На крайний случай можно заменить апач на nginx.