Можно использовать просто @Query, как вы и делаете.

Например:

@Query(value = "select FIELD1, FIELD2 from TABLE
where
      CRITERIA1 = :criteria1 and
      CRITERIA2 = :criteria2 and
      CRITERIA3 in :criteria3 and
      CRITERIA4 in :criteria4", native = true);

List<MyPOJO> getAllPojo(@Param Integer criteria1, @Param String criteria2, @Param List<Integer> criteria3, @Param List<String> criteria4);

так же можно обойтись и без native=true если вы будете писать на JPQL