>Есть ли какой-то автоматизированный способ очищать оперативку на виртуалках?
перезапускать только тот софт, который отъедает память.
можно посмотреть top/atop.
также, про методы кеширования ядра:
https://www.linuxatemyram.com/
можете добавить zswap, zram, обычный своп.