Так происходит потому, что гит сравнивает не файлы, а коммиты.
Если в 2х коммитах внесены изменения в строки с 4292 по 4322 (и если есть далее) гит считает это конфликтующими изменениями и что в конечном итоге должно остаться в файле лежит на плечах разработчика.
В противном случае у разработчиков гита появится слишком много вопросов "а что если"
