Есть утилита mysqldumpslow которая анализует лог медленных запросов и выводит самые частые медленные запросы, жаль, раньше не знал о ней, надеюсь поможет решить хотя бы часть проблемы.

щас смотрю top — mysqld жрет 150-200% CPU, смотрю SHOW PROCESSLIST(и mytop) — с обновлением в секундуто проскакивает 5-10 запросов, то пусто, долго никто не висит… при этом база откровенно поттупливает даже на элементарных запросах

в чем может быть дело?