Весь код пишу в поцедурном стиле.
Структура такая:
js/main.js - обработка форм, кнопок, асинхронный вывод html на страницу (полученный запросами к процедурному коду).
post - каталог, содержит файлы *.php, на них и отправляются запросы с форм, кнопок, запрос контента.
на заметку: jquery и другие библиотеки уже не использую, т.к. достаточно наработок на чистом js :)
Я тут один такой?
p.s: на CMS так-же работаю, но структура зависит от CMS. ООП для меня редкость