Нашел решение.
Если родительское приложение (в нашем случае Chrome) является 32-битным, то все запускаемые из него приложения проверяются так, будто они 32-битные.
Для решения в разрешенные пути надо добавить
%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\SystemRoot%
%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir%
%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir (x86)%
%HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramW6432Dir%
Подробнее можно почитать
тут.
