jshikanova

Хм, возможно ли что project_category появляется из верхней строчки

register_taxonomy('project_category', array('project'), array(

Попробуйте в ней изменить 'project_category' на 'category', может поможет
Вообще в wordpress множество плагинов с хлебными крошками, или можно попробовать эту функцию. Вполне рабочий вариант

Была подобная проблема, решила ее используя вместо query_posts() просто have_posts() (подсмотрев как это реализовано в стандартном шаблоне с рабочей плагинацией), но тогда невозможно выбрать количество постов на странице, будет выводится стандартное количество
Попробуйте посмотреть в этой статье, там подробно разобрано почему такая ошибка возникает и как ее решить