Вам стоило бы показать, как у вас происходит сборка. А так моё предположение - ваш HTML никак не обрабатывается и в билд уходит таким, какой он есть. Если вы просто откроете HTML файл, то всё подключиться, так как URL будет вида
file://{ПУТЬ_ДО_HTML_ФАЙЛА}. Но если вы пользуетесь каким-то веб-сервером, то дальше корневого пути уйти нельзя. Вам стоит поменять на пути на /js/script.js и в папку с билдом копировать папку js.
