Маленькое обновление или большое - нет разницы, тут важно чтобы подписи (ключи) совпадали
Могу сказать точно про андроид: заменить полностью можно, главное чтобы у вас остались ключи и пароли к ним, которые подписывают apk для отправки в Google Play Store
Про iOS: могу ошибаться, но там xcode просит войти в аккаунт разработчика внутри xcode, сам вытаскивает с инете ключи, подписывает готовое приложение и отправляет в App Store. То есть в этом случае у вас должен быть доступ к аккаунту разработчика, с которого выкладывалось приложение и вы сможете заменить.
Есть нюанс с Android, если в новом приложение вы добавите НОВЫЕ зависимости от доступа к телефону пользователя (доступ к карте памяти, камере, интернету, etc), то приложение автоматически не обновится, а потребует дополнительных действий от пользователя - подтвердить согласия на новый уровень доступа приложения.
