Отслеживаете изменение статуса заказа через событие (например onSaleOrderSaved) и при установке статуса "Принят, ожидается подтверждение" отправляете письмо.
Достаточно разместить комплексный компонент sale.personal.order и он сам будет обрабатывать ссылки. Никаких php файлов дополнительно создавать не нужно. В "list" пропишите "index.php", если компонент будет лежать в index.php
