Nikolai

Можно использовать git.

1) подготавливаем репозиторий:

$ cd /etc/nginx 
$ git init . && git add . && git commit -m initial

2) обновляем nginx:

# debian/ubuntu
$ apt-get update && apt-get install nginx

# redhat/centos
$ yum install nginx

3) смотрим измения и коммитим необходимое:

$ git diff 
$ git add nginx.conf && git commit -m updated