У самого была такая беда, правда на $19.
Инстансов не было, но ELB всё ещё работал. HealthCheck сервисы и внешние ping запросы были той самой проблемой. Убил ELB и счастье пришло.
Попробуйте написать claim в саппорт, что мол Free-tier кончился, а я новичок и не заметил.